首先应明确规定违法所得推定制度仅仅适用于毒品犯罪、恐怖主义犯罪、涉黑犯罪、走私犯罪等特定犯罪类型，不得无限制地扩及到其他犯罪类型。
其次应明确规定在违法所得推定生效之前，检察机关首先应当证明该财产系可疑财产即该财产来源不明且高度可疑，为此，检察机关应当从该财产的藏匿方式、犯罪人收入情况、生活状态等多个方面展开举证，以优势证据证明该财产不可能是犯罪嫌疑人、被告人合法所得。之后，违法所得推定制度方可得以发生法律效果，犯罪嫌疑人、被告人或利害关系人则必须以优势证据证明该财产系合法所得，否则，人民法院即可裁定对该财产予以没收。例如，犯罪嫌疑人某甲在贩卖毒品时被警察当场查获，并在他身上找到直接来自本次贩毒所得的现金。该部分现金应予没收，殆无疑义。但在接下来对某甲住宅进行搜查时，警察又发现藏匿于下水道中的其他大量现金，而且在某甲的银行帐户上发现大笔存款。后在羁押期间，某甲逃匿。警察无法查明在某甲家中起获的大量现金以及银行存款的具体来源，但警察经过调查，发现某甲在过去几年并无稳定、合法的收入来源。基于这一调查结果及其他情况，检察官确信，这些巨额可疑财产同样也只可能来自某甲其他未被发现的犯罪。由于犯罪嫌疑人某甲已经逃匿且通缉一年未果，于是，检察官启动独立没收程序，向人民法院提出没收上述现金和存款的申请，因某甲逃匿而无法到庭，甲妻申请参加诉讼，并委托了一名律师作为诉讼代理人。因为违法所得推定制度的存在，本案证明上述财产来源合法的举证责任倒置由甲妻承担，若甲妻及其诉讼代理人无法举出优势证据证明该财产系合法所得，那么人民法院就将裁定对该财产予以没收。
一些学者可能会对上述观点表示质疑，他们认为，在独立没收程序中，因为对犯罪嫌疑人、被告人采取缺席审判，证据上对他们已然不利，如果再设立违法所得推定制度，将举证责任倒置由犯罪嫌疑人、被告人以及利害关系人一方承担，对于后者来说，岂不是“雪上加霜”？两者相叠加，会不会导致出现严重的控辩不平衡以及犯罪嫌疑人、被告人、利害关系人一方财产权的严重受损的事实？笔者认为，这其实是对违法所得推定制度的误解，违法所得推定制度，虽然减轻了控方的举证责任，但却并未完全免除其举证责任。因为，违法所得推定制度在转移了举证责任的同时，也转移了检察机关的证明对象，即检察机关虽然毋庸再举证证明该财产系违法所得，但却要举证证明该财产来源不明、高度可疑，且应证明至优势证据的程度。因此，检察机关实际上并未完全免除举证责任，只不过相对于证明该财产系违法所得而言，检察机关举证证明该财产来源不明且高度可疑，显得更容易一些，这在一定程度上减轻了检察机关的举证责任。既然检察机关实际上并未完全免除举证责任，那么，就并未突破“正当程序”的底限，也就不存在所谓控辩双方严重不平衡以及严重侵犯犯罪嫌疑人、被告人、利害关系人一方财产权的问题。
北安法院 印文君